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利用LMD研究冠狀病毒對細(xì)胞NF-κB信號通路和染色質(zhì)分布的影響

更新時間:2021-03-04點擊次數(shù):1937

冠狀病毒因為包膜上密布著類似日冕的棘突而得名,屬于冠狀病毒科,正冠狀病毒亞科的冠狀病毒屬。根據(jù)血清學(xué)和基因組學(xué)特點,該屬名代表了α、β、γδ四個屬。目前已知感染人的冠狀病毒包括7種,即α屬的普通冠狀病毒HCoV229EHCoVOC43β屬的HCoVNL63、HCoVHKU1、嚴(yán)重急性呼吸綜合征(SARS-CoV和中東呼吸綜合征(MERS-CoV,以及此次導(dǎo)致武漢不明原因肺炎的冠狀病毒(2019-nCoV)。其中,HCoVHKU1、SARS-CoV、MERS-CoV2019-nCoV可以導(dǎo)致人類肺炎,其他是成人普通感冒的病原,兒童較敏感,可致上呼吸道感染。

 

早在2008年的《Cell》中,一組來自日本科學(xué)家發(fā)表了一篇題為《Visualizing spatiotemporal dynamics of multicellular cell-cycle progression》的文章,文中表示:他們得到了兩種新型熒光蛋白,其中一種能使得G1期細(xì)胞核呈現(xiàn)紅色,而另一種使得S/G2/M期細(xì)胞核呈現(xiàn)出綠色,研究人員將這些蛋白稱為熒光泛素化細(xì)胞周期標(biāo)志物(Fucci)。

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利用這一發(fā)現(xiàn),來自德國吉森大學(xué)藥理學(xué)的Poppe與他的合作者們研究了冠狀病毒對細(xì)胞NF-κB通路和染色質(zhì)分布的影響。

 

研究人員首先用HCoV-229E感染A549肺癌細(xì)胞模型,然后通過激光顯微切割(LMD6000)結(jié)合免疫熒光用于分解(i)被HCoV-229E感染的細(xì)胞,(ii)與感染細(xì)胞緊鄰的細(xì)胞,(iii)距離感染細(xì)胞至少150μm的細(xì)胞(“遠(yuǎn)端細(xì)胞”)和(iv)單獨的未感染的細(xì)胞。

 

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他們分離了表達(dá)冠狀病毒N蛋白的細(xì)胞,并提取了整個RNA。

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Laser microdissection實驗過程:

細(xì)胞接種在加入2μm 青霉素(PEN)的30mm的圓形培養(yǎng)皿中。

免疫染色和LMD按照預(yù)定方案*進(jìn)行,并進(jìn)行如下修改。

處理結(jié)束時,細(xì)胞用Hank's平衡鹽溶液(HBSS)洗滌2次,每次5分鐘,并用2ml乙醇固定5分鐘。

HBSS中洗滌30秒,然后用2ml HBSS /0.1% Saponin10%驢血清封閉,孵育3分鐘。

稀釋1:50N蛋白抗體或1:400P(S2)-pol II,在含0.1%皂素的400μm Hank’s BSS37℃孵育。

Hank’s BSS/0.1%皂素洗滌30秒。

y3抗體(1:50)Dylight488二抗(1:400),室溫400μl HBSS/0.1% Saponin。

2 ml HBSS中洗滌3次,每次30秒,然后在2ml DEPC水中洗滌30次,然后在40℃干燥30分鐘。

使用Leica LMD6000系統(tǒng)將未感染的細(xì)胞和感染的細(xì)胞切除并收集在微量離心管中,用熒光顯微鏡檢測。

 

Leica激光顯微切割系統(tǒng)優(yōu)勢

從病理樣本、細(xì)胞樣本或涂片中,采用激光切割、分離收集特定染色體,細(xì)胞,組織,從而進(jìn)行準(zhǔn)確細(xì)胞的下游基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、或代謝組水平的分析及驗證。

可應(yīng)用于特定的單個染色體、細(xì)胞、整個組織區(qū)域,甚至骨骼、牙齒、大腦、植物等的切割分離。專重力非接觸收集模式(磚利號:DE 10057292, EP 1207392, JP 3641454)準(zhǔn)、無污染??膳鋫渥詣痈咄壳懈罴笆占J?。操作過程中無需移動樣品,而是通過磚利的激光光束任意掃描切割(磚利號:EP 1276586、US 7035004、JP 3996773),靈活又準(zhǔn)。重力收集模式又很好地避免了樣品污染。

采用*的激光設(shè)計和易用的動態(tài)軟件,高達(dá)5000 Hz脈沖的349nm,干凈、高效的切割目標(biāo)物邊緣,而目標(biāo)物體無需接觸激光,不受影響。

采用普通的0.20.5ml離心管即可收集,耗材成本低。

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接著,研究人員通過利用RT-qPCR和微陣列分析發(fā)現(xiàn),與感染細(xì)胞緊鄰的細(xì)胞在單細(xì)胞水平上表征與存在于相同或不同培養(yǎng)物中的相鄰的未感染細(xì)胞相反,感染后的基因表達(dá)發(fā)生了變化。并通過HCoV-229E病毒N蛋白的免疫熒光(DMIRE2,DMi8)分析來監(jiān)測HCoV-229E感染并在A549細(xì)胞中擴(kuò)散。

 

病毒學(xué)中熒光顯微鏡可以更好地滿足研究人員的需求。然而,在對動物組織進(jìn)行研究時,仍有機(jī)會進(jìn)行明場顯微鏡檢查,比如檢查病毒感染后組織的形態(tài)變化等。

 

此外,在細(xì)胞培養(yǎng)實驗室中使用明視野顯微鏡檢查已經(jīng)感染或?qū)腥镜募?xì)胞(DM IL,DMi1PAULA)的健康狀況和生長狀態(tài)。

 

 

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Leica顯微鏡在病毒學(xué)中的應(yīng)用遠(yuǎn)不止這些,而這些看似基礎(chǔ)的研究工作恰恰起到了直接作用。另外還有其他用于病毒可視化的技術(shù),例如電子顯微鏡(EM)可以分解病毒顆粒、單分子檢測(TCS SP8 SMD)、熒光壽命成像(FLIM) (STELLARIS 8 FALCON)以及多光子顯微鏡(SP8 DIVE)是適用于病毒學(xué)的其他方法

 

參考文獻(xiàn):

[1] Chin J Prev Med, March 2020, Vol.54, No.3

[2] Nat Rev Microbiol. 2013;11(12):836–48. pmid:24217413

[3] Mol Cell. 2014;53(2):193–208.

[4] Cell, Vol 132, 487-498, 08 February 2008

* Am  J  Pathol.  1999;154(1):61-6.

 

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